BODIPY TR-X 的 NHS 酯（或琥珀酰亚胺酯）是将该染料与蛋白或抗体偶联的较常用工具。NHS 酯可用于标记蛋白的伯胺 (R-NH2)、胺修饰的寡核苷酸和其他含胺分子。由此产生的 BODIPY TR-X 偶联物表现出明亮的荧光、较窄的发射带宽和相对较长的激发状态寿命，可用于荧光偏振测定和双光子激发 (TPE) 显微镜检查。荧光波长Ex/Em：588/616 nm。