包装 | 价格(元) |
25 rxns | 电议 |
50 rxns | 电议 |
100 rxns | 电议 |
HyperScribeTM T7 High Yield RNA Synthesis Kit使用T7 RNA聚合酶可在相对较短的时间内进行体外RNA转录实验。 该试剂盒可用于合成高产量的RNA转录物,高度特异性、放射性标记的RNA探针和掺入加帽、染料标记或生物素化的修饰核苷酸的RNA。
该试剂盒有诸多应用,例如体外翻译、反义RNA和RNAi实验、RNA疫苗,RNA结构和功能研究,核酶生物化学,RNase蛋白质实验和基于探针的杂交印迹。
每次标准反应为20 μL,该试剂盒可进行25/50/100次反应。对于每次的标准反应,1 μg 的对照模板可产生高达180 μg 的RNA,每25/50/100次反应的试剂盒可产生高达4.5 mg/9 mg/18 mg的RNA。
图1 用T7 RNA 聚合酶进行的体外转录反应
图 2 T7 RNA 聚合酶的 PCR 引物设计
组分 | 25 rxns | 50 rxns | 100 rxns |
T7 RNA Polymerase Mix | 50 μL | 100 μL | 200 μL |
10X Reaction Buffer | 50 μL | 100 μL | 200 μL |
ATP (20 mM) | 50 μL | 100 μL | 200 μL |
GTP (20 mM) | 50 μL | 100 μL | 200 μL |
UTP (20 mM) | 50 μL | 100 μL | 200 μL |
CTP (20 mM) | 50 μL | 100 μL | 200 μL |
Control Template(0.5 μg/μL) | 5 μL | 10 μL | 20 μL |
RNase-free H2O | 0.5 mL | 1 mL | 1 mL x 2 |
所有的组分请在-20℃保存。 |
1)RNA产物片段大于预期。
如果电泳显示产物条带大于预期,可能原因:①质粒模板可能没有完全线性化;②有义链3’端为突出结构;③RNA存在未完全变性的二级结构。
建议确认模板结构,并将电泳方式由琼脂糖胶换成变性胶来检测RNA产物。
2) RNA产物片段小于预期。
如果电泳显示产物条带小于预期大小,可能原因:①模板序列中包含类似于T7 RNA聚合酶的终止序列;②模板中GC含量高形成高级结构;③RNase污染。
不同的聚合酶识别不同的终止序列,若是模板中含终止结构,建议尝试不同的RNA聚合酶。如果模板为高GC,建议加入SSB蛋白,以提高转录效率。出现产物条带与预期不一致,请跑变性胶检测产物。
3) 产物电泳拖尾现象。
电泳过程中有拖尾现象,可能原因:①实验操作过程被RNA酶污染;②DNA模板被RNase污染。体系中的RNA酶抑制剂只能抑制痕量的RNA酶残留,建议重新纯化模板DNA,并在实验过程中使用RNase-free的枪头和EP管,佩戴一次性乳胶手套和口罩,所有试剂均用RNase-free H2O配制。
4) 模板中间有一段Poly T中止序列,后面的序列可以转录出来吗?
模板中有发卡结构会影响转录,序列一般不会影响转录。
5) 模板一定要是双链吗?
至少T7启动子要是双链的。
6) 合成的RNA如何纯化?是否有配套的过柱纯化盒子?
可使用RNA Clean and Concentrator Kit(K1069)进行RNA纯化。
7) 使用线性化的质粒时,线性化质粒的方法有哪些?
酶切(注意选择酶切位点时不要选择3’端突出的酶切位点)、反向PCR(得到的就是PCR产物)。
8) 使用质粒作为模板时,在线性化的过程中,为什么需要使用平末端或者5’突出末端的限制性内切酶进行线性化?
原因和环状质粒为模板相似,都是会因为没有终止子而无限循环下去,从而导致生成的产物片段大小不一。
9) sgRNA条带模糊。
sgRNA是100nt左右的单链RNA,在水溶液中容易形成二级结构,因此电泳时会位置会发生变化,采用加速冷冻或者甲酰胺变性凝胶电泳可以改善电泳结果。
10) 体外转录试剂盒适用的片段范围是多少?
最小做过21bp的siRNA,最大做过10kb。
11) 针对大片段和小片段,转录的效率如何?
大片段会出现条带弥散的情况,因为片段越长酶越容易从模板上脱落,所以得到的产物条带就不是那么集中,其他竞品公司的产品也会出现类似的情况。短的模板小于300nt的,较短的转录其实对反应有抑制作用,所以要适当延长反应时间,可以过夜16h。因为模板和酶进行结合时识别启动子的过程需要时间,所以模板太短时会对反应造成抑制作用,同时建议增加模板量至2μg。
12) 模板中存在高级结构(高GC或是茎环结构),怎么做可以提高产量?
提高温度,如果有很多高级结构存在可以建议加入SSB蛋白。
13) 模板中存在类似于T7终止序列(也是一种茎环结构)怎么做可以提高产量?
降低反应温度。
14) 产物纯化方式比较。
酚/氯仿抽提的优点是便宜,但是有可能会残留游离的核苷酸。柱提法优点可以将游离的核苷酸去除干净,但价格相对较贵。切胶回收的方法得到的产物更加均一。磁珠法优点是快速且回收效率高,可达到90%以上。
15) 得到的产物量无法达到说明书说的100-150ug可能的原因及建议。
(1) 产物长度小于300nt时,建议提高产物的投入量至2μg,适当延长反应时间。
(2) 阳性对照,试剂盒中提供的阳性模板大小在500bp左右,对于阳性对照的实验设计可以在选择反应2h后从20μL的体系中取出5-10μL确定产量,剩下的体积继续反应至实验组的反应时间相同后确定产量。
(3) 不同的纯化方式产生的损失是不同的。
(4) 可以重新纯化模板。
(5) 确定模板定量以及其完整性。
(6) 尝试其它的启动子和RNA聚合酶。
16) 可以用于合成mRNA吗?
可以,但是要自己购买帽子类似物,说明书中提供的加帽RNA体系就是合成mRNA的体系,里面GTP和加帽类似物的浓度比例建议为1:4。
17) 模板投入量增加为2μg时,NTP的量以及DNA酶的量是否需要调整?
模板投入量增加为2μg时,NTP的量不用调整,若担心模板消化不彻底,可将DNA酶的量从1μL提高至3μL。
18) 对照组投入0.5μg产出是多少?
Control Template的长度约500bp,投入0.5μg,产出约150-200μg,最低130μg(转录后直接用Qubit测量浓度)。